L’ancien hôpital médiéval de Bordeaux étant devenu vétuste, la décision de construire un nouvel hôpital moderne est prise en 1819 grâce à un don de 50 000 francs du petit-fils du duc de Richelieu. Le nouvel établissement est édifié en face du palais de justice, sur d’autres terrains, et l’ancien hôpital sera finalement démoli entre 1854 et 1859.

Après un concours d’architecture, Jean Burguet réalise les plans définitifs (1825) et les travaux s’achèvent en 1829. L’hôpital est conçu selon les principes médicaux modernes : séparation des malades pour éviter les contagions, aération par des cours, distinction hommes/femmes et organisation rationnelle des circulations, de l’eau et de l’hygiène. Il comprend aussi de nombreuses annexes (pharmacie, bains, cuisines, amphithéâtre, morgue…), annonçant les hôpitaux modernes du XIXᵉ siècle.

Le bâtiment est conservé mais transformé au fil du temps ; en 1878, la caserne Saint-Raphaël est annexée pour accueillir la faculté de médecine et de pharmacie. L’hôpital s’inscrit dans un ensemble d’édifices publics inspirés d’une architecture rationnelle et hygiéniste, dont l’efficacité est démontrée lors de l’épidémie de choléra de 1832.

Construit sur d’anciens terrains religieux et militaires, il participe à la transformation urbaine du quartier Sainte-Eulalie et forme, face au palais de justice, une place monumentale symbolisant la modernité municipale. Il devient le centre d’un îlot entièrement dédié aux activités médicales, complété au XXᵉ siècle par une clinique chirurgicale.