Le collège des Jésuites de Bordeaux fut le douzième établissement de ce genre créé par l'ordre en France. Vers 1571, François Borgia, général de l'ordre, accepta de fonder un nouveau collège groupé autour de la chapelle de la Madeleine, qui servirait d'église.

Le noviciat fut fondé en 1593, mais il ne fonctionna qu'à partir de 1607. Les Jésuites furent d'abord installés au prieuré de Saint-James, puis dans la maison du Peugue, avant d'être logés dans un local dépendant de l'église Sainte-Croix en 1611. La construction de la chapelle et de la maison du noviciat fut commencée en 1612. En 1653, les Jésuites firent construire une porte monumentale pour la chapelle avec les armoiries des donateurs. La dissolution de la Compagnie de Jésus eut lieu en 1762. Les immeubles furent mis sous séquestre et acquis en 1766 par la ville qui lotit terrain et maison.