La fondation du moulin de Caupian pourrait remonter, comme les autres moulins de la Jalle, à la
période médiévale. Son importance semble grandir au milieu du XIXe siècle, époque où, à la faveur de ventes successives, le moulin est brièvement décrit comme fonctionnant avec trois paires de meules.

Des cartes postales du début du XXe siècle montrent au moins deux lanterneaux, formant une sorte d'excroissance du toit, en réalité des passages pour les têtes de courroies, indispensables au fonctionnement de machines modernes (appareils à cylindres, bluteries, etc.). L'activité s'arrête durant l'entre-deux-guerres, laissant le moulin en théâtre des jeux d'eaux et d'une guinguette très fréquentée.