Le lieu du Moulinat est un des toponymes les plus anciens de la Jalle dont les premières mentions
remontent aux XIVe et XVe siècles. Il est, à cette époque et jusqu'à la fin du XVIIIe siècle, la propriété des seigneurs de Bussaguet, qui détiennent d'autres moulins sur la Jalle. En 1842, le moulin est vendu avec 7 hectares de terres alentours. Selon la brève description, il correspond à ce que nous voyons aujourd'hui : "un moulin à eau, bâti en pierre de taille, à deux meules".

Dans le cadre de la maîtrise foncière des sources de la Jalle, la Ville de Bordeaux rachète le moulin du Moulinat en 1856, au même titre que ses voisins Bussaguet et Jallepont.

Ce passage dans le giron public n'empêche pas la continuité de l'activité meunière qui se poursuit jusqu'au début du XXe siècle. Entre 1995 et 2022, le site du Moulinat est occupé par l'association Cistude Nature.